日前，密云、怀柔水库上游乡镇已全部建污水处理厂，74个村建成小型污水处理站，每年可减少200万吨污水排放。
在北京市地表水源集中的密云、怀柔水库上游，为解决水源区农村、农民的水污染问题，北京市水务部门以水源保护为中心，构筑“生态修复、生态治理、生态保护”三道防线，实施“污水、垃圾、厕所、环境、河道”五项同步治理，污水就近处理，不再直排入河。
山区乡镇中心区人口相对集中，污水量较大，是污水治理的重点区域。目前密云水库、怀柔水库上游乡镇均已建设污水处理设施，29处集中污水处理厂，每天可净化污水0.6万吨。
此外，水库上游村庄兴建一批村级污水处理站和配套收集管网，对生活污水进行收集处理。截至2008年底，密云水库上游64个村建设了110处村级污水处理站，怀柔水库上游10个村建成30余处污水处理站。一级水源保护区村庄60%的村建设了污水处理设施。
怀柔水库上游的怀沙河边，甘涧峪村的小型污水处理站“藏”在村边一个1米见方的井里，随着处理机轻微的马达声，污水变成清澈透明的净水。这个小山村里，有数座这样的小型污水处理站，排放到河里的，全是达到国家一类A级排放标准的清水。
此外，密云水库沿岸还建设植物带拦截、过滤污染物，保护水库水质。目前，密云水库、怀柔水库水质均保持地表水Ⅱ类标准。
