安徽省环保厅列出巢湖流域水污染防治规划项目实施进度目标,到2009年底,治污规划确定的工程项目,建成投运不低于70%，而合肥确保完成13个项目，巢湖市完成20个，舒城县完成7个。另据悉,省人大城建环资委昨日（11月9日）公布了巢湖流域水污染治理情况的调研报告，包括湖区富营养化等六大问题成为困扰巢湖水质改善及治污工作的难题。

湖区富营养化及河道污染严重

今年上半年,巢湖湖区整体水质中度污染,水体呈现轻度富营养状态。西半湖区重度污染,水体呈现中度富营养状态。

规划项目建设滞后

“十一五”期间，流域内共有20个项目获国家资金支持，项目总投资25.5亿元，71.2%的项目资金需自筹。

产业布局带来压力

目前，巢湖流域的工业以机械、电子、化工等为主，其中黑色金属冶炼、化学原料及制品业的化学需氧量和氨氮排放量占全流域工业污染负荷的78.1%、83.7%。

面源污染未得到有效控制

据分析资料表明，巢湖流域面源污染占巢湖污染总负荷的近1/2，加重了水体的负担。

污水处理标准低、配套滞后

目前，流域建成的污水处理厂基本为二级生化处理，没有针对巢湖污染特征强化除磷脱氮工艺，且污水处理负荷率不高。

水体循环不畅

安徽省于1962年建成了巢湖闸和裕溪闸，巢湖每年与长江的水体交换量由建闸前的13.6亿立方米减少为目前的1.7亿立方米左右，减少约88%，使巢湖自净能力显著下降。