目前对于再生水安全性评估方法大致可以分为化学成分定量分析法、排水毒性测试法、原位生物监测法三种，我国对于再生水安全管理目前仅依赖于化学分析法。下表为各种分析方法的优缺点比较。
| 评价方法 | 优点 | 缺点 |
| 化学成分定量 |
容易通过分析测定；可利用模型预测污染物迁移转化；某些化学分析花费相对更少 |
存在大量未知/未测污染物；有毒物质的混合毒性机理不清楚；某些有毒物质分析费用昂贵；不考虑生物可利用性及交互作用 |
| 排水毒性测试 | 可测定污水总毒性；考虑生物可利用性及相互作用；可提供切实的环境影响证据； | 不能评估化学品的生物学特征；不能确认有毒物质种类；不能确定物理化学条件改变的影响 |
| 原位生物监测 | 可确定污染物对接纳水体的影响；可确定在种群水平上的生态影响；可预测在群落水平上的生态影响 | 不能确定污水排放浓度和毒性；不能确定毒物种类和生物学特征；不考虑对地方物种的影响； |
那么几种方法如果对同一再生水体做安全性的分析评价会有多大的差异呢？中国科学院生态中心王子健研究员以北小河污水处理厂排水回用奥运公园为例做了如下分析比较。
北小河污水处理厂的二沉池出水分别通过如下四种方法处理：超滤、超滤+反渗透、微滤、活性炭，首先以化学成分定量分析方法评价四种处理方法生产再生水的安全性。分别对进水、出水的各种形态氮的浓度、磷和生物可利用磷浓度、卤代烃浓度、卤代苯（优先控制污染物清单）浓度、BETX（优先控制污染物清单）浓度、六氯环已完（六六六，POPs清单污染物）浓度、DDT和氯丹（POPs清单污染物）浓度、多环芳烃（UNEPPTS清单污染物）浓度、邻苯二甲酸酯（优先控制污染物清单）浓度化学分析，具体比较数值见下图。
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可以看出所考察的四种深度处理工艺出水氮、磷营养物质浓度超标，而微量有机有毒物质浓度能够达到USEPA饮用水标准。那么，如果采用排水毒性测试方法对四种深度处理的再生水进行评价，结果会如何呢？王研究员利用日本青鳉生命早期阶段的测试再生水的环境安全性，暴露到污水中的胚胎可能出现死亡胚胎、围心腔水肿、胚胎出血现象，下图为不同工艺段出水的胚胎损伤率表以及胚胎孵化率表。
通过系统分析可以看出，基于爱尔兰急性毒性基准，仅反渗透和活性炭工艺出水是安全的，但仍需要20倍稀释。下表为基于慢性毒性不同工艺出水管理的各评价指标系数，可以看出在基于USEPA慢性毒性基准为1TUc，在没有足够接受水体稀释条件下，所有工艺出水均不安全。
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